La Región es afectada durante todo el año por la influencia del frente polar que se sitúa sobre ella.
El sector transandino presenta características continentales, con una considerable amplitud térmica y una menor precipitación. Esta declinación de las precipitaciones se debe a la descarga de humedad que ocurre en la vertiente occidental de la Cordillera de los Andes y en la posible existencia de vientos de montaña que descienden hacia el oriente.
Por otra parte, la accidentada geografía regional forma variados microclimas de reducida extensión.
Ejemplo claro; Biombo climático en la zona de transición de cambio de bosque caducifolio a un bosque siempre verde camino a puerto Aysén.
Clima transandino con degeneración esteparia:
Se sitúa en una franja longitudinal que cubre la vertiente oriental y planicies cercanas a la Cordillera de Los Andes, con temperaturas más continentales y menor precipitación. El bosque cambia gradualmente desde un bosque mixto siempreverde a un bosque caducifolio de pocas especies que se hace cada vez más abierto y termina en la estepa patagónica.
